Если с момента реорганизации компании № 1 в форме выделения из компании № 2 прошло менее 10 лет, то надо восстановить НДС по недвижимости, полученной когда-то от компании № 2.
Разъяснение дает Минфин в письме от 19.12.2023 № 03-07-11/123362.
Правила восстановления НДС по недвижимости в случае использования ее в необлагаемой деятельности прописаны в статье 171.1 НК.
Там сказано, что через 15 лет после ввода в эксплуатацию НДС можно не восстанавливать. На самом деле можно уже не восстанавливать через 10 лет, потому что восстановление идет в течение 10 лет.
В случае реорганизации отсчитывать этот 10-летний срок надо от даты ввода в эксплуатацию здания в старой компании № 2.
Если с тех пор прошло более 10 лет, восстанавливать НДС не надо.
Каким образом восстанавливать НДС в случае, когда 10-летний срок еще не прошел (единовременно от остаточной стоимости или частями в течение 10 лет) Минфин не уточняет.
Про восстановление НДС при переходе на УСН мы рассказывали тут.